В случае аллергий, пептиды могут играть роль в иммунотерапии. Иммунотерапия, основанная на пептидах, может помочь обучить иммунную систему пациента не реагировать на аллергены. Это может привести к снижению симптомов аллергии и улучшению качества жизни. Пептиды также могут быть использованы для создания антиген-специфических вакцин против аллергических реакций.
В аутоиммунных заболеваниях, когда иммунная система направлена на собственные ткани и органы, пептиды могут быть включены в лечебные стратегии. Исследования указывают на то, что некоторые пептиды могут регулировать иммунный ответ и снижать воспаление, что может помочь в управлении симптомами аутоиммунных заболеваний, таких как ревматоидный артрит или болезнь Крона.